Marcin Nowotny ukończył studia na Wydziale Chemii Uniwersytetu Warszawskiego. Doktorat uzyskał w roku 2002 w pracowni kierowanej przez prof. Jacka Kuźnickiego w Instytucie Biologii Doświadczalnej Polskiej Akademii Nauk. W latach 2003-2008 pracował w Narodowych Instytutach Zdrowia w USA w laboratorium kierowanym przez Wei Yang. Od 2008 kieruje Pracownią Struktury Białka w Międzynarodowym Instytucie Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie. W roku 2022 Marcin Nowotny otrzymał Nagrodę Fundacji na rzecz Nauki Polskiej. Badania Marcina Nowotnego były finansowane w ramach grantów przyznanych przez Narodowe Centrum Nauki, Fundację na Rzecz Nauki Polskiej, Howard Hughes Medical Institute, Wellcome Trust oraz European Research Council. Marcin Nowotny jest członkiem European Molecular Biology Organization oraz Academia Europaea. Marcin Nowotny zajmuje się biologią strukturalną. Jest to dyscyplina, która stawia sobie za cel poznanie funkcjonowania organizmów żywych na poziomie poszczególnych atomów. Wykorzystuje do tego metody krystalografii białek oraz mikroskopii elektronowej. Badania Marcina Nowotnego skupiają się na poznaniu procesów przetwarzania informacji w komórce zakodowanej w kwasach nukleinowych DNA i RNA. Jednym z badanych procesów jest naprawa DNA, proces usuwania uszkodzeń chemicznych z materiału genetycznego. Inne prace koncentrują się na mechanizmach namnażania się wirusów a także na mechanizmie działania wybranych układów odpornościowych bakterii. Marcin Nowotny wolny czas najchętniej spędza na górskich wędrówkach.