Agata S. Nalborczyk jest magistrem iranistyki oraz arabistyki i islamistyki (Uniwersytet Warszawski, Uniwersytet Damaszkowy i Uniwersytet Kraju Saary), doktorem arabistyki, doktorem habilitowanym religioznawstwa – islamistyki. Jest adiunktem i kierownikiem Zakładu Islamu Europejskiego na Wydziale Kultur Azji i Afryki Uniwersytetu Warszawskiego.

Jej badania koncentrują się na islamie w Europie (zwłaszcza w Polsce i Europie Środkowo-Wschodniej), statusie prawnym i historii europejskich mniejszości muzułmańskich, Tatarach polsko-litewskich, islamskim przywództwie religijnym, problematyce płci w islamie, relacjach chrześcijańsko-muzułmańskich, wizerunku islamu i muzułmanów w Europie oraz socjolingwistyce arabskiej.

Jest członkinią Rady Redakcyjnej serii „Annotated Legal Documents on Islam in Europe” (Lejda: Brill; tom pierwszy opublikowany w 2014 r.), członkinią Rady Redakcyjnej czasopisma „Sociology of Religion” (Oxford Univ. Press, IF 2024=1.7), „Studia Religiologica” (Uniwersytet Jagielloński, Polska), Rady Doradczej „The Religious Studies Review” („Przegląd Religioznawczy”; Polskie Towarzystwo Religioznawcze). Od 2014 r. jest również członkinią Rady Naukowej Centrum Islamu i Prawa w Europie w Erlangen (Uniwersytet Fryderyka Aleksandra Erlangen-Norymberga, Niemcy; EZIRE).

Była członkiem panelu SH5 Advanced Grants w latach 2017, 2019, 2021 i 2023.