Paweł Nowakowski jest historykiem i epigrafikiem późnego antyku. Jego zainteresowania badawcze koncentrowały się dotychczas na wykorzystaniu inskrypcji jako narzędzia kultu świętych oraz jako dowodu w badaniach nad wielojęzycznością we wschodnich prowincjach Cesarstwa Rzymskiego. Ukończył jednolite studia magisterskie z historii w Instytucie Historycznym Uniwersytetu Warszawskiego w 2010 roku.

W latach 2010–2015 był doktorantem w Zakładzie Papirologii Instytutu Archeologii (UW), gdzie w 2015 roku obronił pracę doktorską. W tym czasie był kierownikiem projektu badawczego „Wzory epigraficzne stosowane w kulcie świętych w późnoantycznej/wczesnobizantyjskiej Azji Mniejszej” finansowanego z grantu „Preludium” Narodowego Centrum Nauki, stypendystą programu „Start” Fundacji na rzecz Nauki Polskiej oraz stypendystą predoktorskim Fundacji Alfrieda Kruppa von Bohlena und Halbach na Uniwersytecie w Kolonii. Dzięki temu finansowaniu mógł odbywać krótkie pobyty badawcze w Niemczech (na Uniwersytecie w Kolonii i w Niemieckim Instytucie Archeologicznym w Monachium) oraz w Belgii (w bibliotekach KU Leuven).

W latach 2015–2018 pracował jako adiunkt (postdoc) na Uniwersytecie Oksfordzkim w projekcie „Kult Świętych w późnej starożytności” finansowanym przez grant ERC-Advanced Grant, kierowanym przez Bryana Warda-Perkinsa.

Obecnie jest adiunktem w Katedrze Historii Starożytnej Uniwersytetu Warszawskiego i kierownikiem projektu „Epigrafia i tożsamość we wczesnobizantyjskim Bliskim Wschodzie” (grant Sonata 15, NCN, Polska, 2019/35/D/HS3/01872). W 2022 roku otrzymał grant ERC Starting Grant na projekt „Mistrzowie kamienia: Warsztaty kamieniarzy i rozkwit późnoantycznych kultur epigraficznych (III–V wiek n.e.)” (2022–2027).